Vuosina 1963-68 Suomeen oli vähitellen muodostunut rauhantutkimusyhteisö. Alan ryhmiä oli Tampereella, Turussa, Helsingissä ja Jyväskylässä. Rauhan- ja konfliktintutkimuslaitos perustettiin Tampereelle 1970. Idea yhdistyksen perustamisesta kypsyi vuosina 1970-71.
Suomen Rauhantutkimusyhdistys perustettiin Helsingissä 4.6.1971. Perustavassa kokouksessa oli paikalla 20 ihmistä. Ensimmäiseksi puheenjohtajaksi valittiin Unto Vesa, varapuheenjohtajaksi Esko Antola ja sihteeriksi Raila Selenius. Rekisteriin yhdistys hyväksyttiin 26.11.1971. Puheenjohtajina ovat tähän mennessä toimineet Unto Vesan jälkeen Esko Antola, Eeva-Liisa Myllymäki, Vilho Harle, Raimo Väyrynen, Raimo Lintonen, Jyrki Käkönen, Olli-Pekka Jalonen, Heikki Patomäki, Tarja Väyrynen, Arto Nokkala, Liisa Laakso, Riikka Kuusisto ja Juha Vuori.
Tärkein toimintamuoto alkuvuosina oli seminaarien ja esitelmätilaisuuksien järjestäminen. Julkaisutoiminta alkoi Rauhaan tutkien -tiedotteilla. Vuodesta 1984 lähtien julkaistiin Rauhantutkimus-lehteä ja 1993 lähtien sen seuraajana Kosmopolista. Rauhantutkimus tänään -julkaisusarja siirtyi Rauhan- ja konfliktintutkimuslaitokselta yhdistykselle. Toimintansa alkuvuosina yhdistys osallistui mm. rauhankasvatukseen järjestämällä alan kesälukioita yhdessä muiden tahojen kanssa. Samoin osallistuttiin laajasti yhteiskunnalliseen keskusteluun. Sittemmin on keskitytty tutkimuksen edistämiseen. Alan kansainvälisiin kokouksiin ja seminaareihin on osallistuttu säännöllisesti sekä yhdistyksenä että jäsenistön välityksellä. Vastaavia tilaisuuksia, mm. Pohjoismaisia rauhantutkimuspäiviä, on järjestetty tai osallistuttu niiden järjestelyihin myös Suomessa.
Yhdistyksen jäsenmäärä kasvoi ensimmäisen vuoden 60:stä yli 300:aan vuoteen 1988 mennessä. Myöhemmin jäsenmäärä on supistunut jonkin verran, vakiintuen 2000-luvulla noin 200:aan jäseneen.
Yhdistyksen kunniajäseneksi kutsuttiin tasavallan presidentti Urho Kekkonen vuonna 1971 sekä valtiotieteiden maisteri Unto Vesa yhdistyksen 25-vuotisjuhlavuonna 1996.
Vuonna 2011 yhdistys juhlisti 40-vuotista taivaltaan julkaisemalla bibliografian Rauhaan tutkien, Rauhantutkimus ja Kosmopolis -lehdissä ilmestyneistä artikkeleista. Eeva Puumalan ja Unto Vesan toimittaman bibliografian nimi on Rauhaan tutkien – Rauhantutkimus – Kosmopolis: 40 vuotta suomalaista rauhantutkimusta lehden kuvastimessa.